W decydujących dla Litwy dniach czerwca 1940 opowiedział się za przyjęciem ultimatum sowieckiego, nie wierząc w sens zbrojnego oporu Litwy wobec Armii Czerwonej. 16 czerwca 1940 po wyjeździe z kraju prezydenta Smetony przejął obowiązki prezydenta, następnego dnia zaakceptował kandydaturę komunisty Justasa Paleckisa na urząd premiera, tego samego dnia Merkys ustąpił ze stanowiska a Paleckis przejął obowiązki prezydenta Republiki. W miesiąc później próbował przez Łotwę wyjechać do Szwecji, został zatrzymany na lotnisku w Rydze i wraz z rodziną wywieziony przez NKWD do Saratowa. W 1941 został wraz z rodziną aresztowany i osadzony w więzieniu (izolatorze) we Włodzimierzu nad Klaźmą.
W 1954 wypuszczono go z więzienia, ale zakazano powrotu na sowiecką Litwę. Do końca życia mieszkał we Włodzimierzu, gdzie zmarł zimą 1955.
Przypisy
Kategoria:Absolwenci i studenci Cesarskiego Uniwersytetu Dorpackiego Kategoria:Absolwenci i studenci Cesarskiego Uniwersytetu Kijowskiego Świętego Włodzimierza Kategoria:Burmistrzowie Kowna Kategoria:Gubernatorzy Kraju Kłajpedy Kategoria:Litewscy ministrowie