W lutym 1863 awansował na stopień komandora, a następnie po zdobyciu Vicksburga, kontradmirała (był jednym z pierwszych amerykańskich oficerów w randze admiralskiej).
Eskadrą Missisipi dowodził do września 1864, biorąc jeszcze udział w nieudanej ekspedycji na rzece Red River w marcu-maju 1864, po czym objął dowództwo Północnoatlantyckiej Eskadry Blokady. Dowodził działaniami floty w połączonej operacji przeciwko Fortowi Fisher w Karolinie Północnej i brał udział w atakach na ten fort 24 grudnia 1864 i 13 stycznia 1865.
Czterokrotnie otrzymał podziękowania od Kongresu USA, po raz pierwszy w kwietniu 1864 za służbę na Missisipi, następnie za Fort Fisher.
Kariera powojenna Po wojnie Porter awansował na stopnie wiceadmirała w 1866 i admirała w 1870. Był szefem Biura Nawigacji Marynarki USA.
W latach 1866–1870 był komendantem Akademii Marynarki Wojennej USA. Zajął się też działalnością pisarską, zarówno poświęconą historii marynarki USA i wojny secesyjnej, jak i powieściom.