Do końca 1944 r. walczył na obszarze Łotwy w rejonie Dorpatu, Rygi, Dyneburga i Priekule. 27 października kompania została prawie całkowicie zniszczona w ciężkich walkach na strategicznych wzgórzach koło Priekule. Hans-Gösta Pehrsson dowodził resztkami 3 kompanii podczas odwrotu z Kurlandii przez Pomorze i Szczecin aż do ostatnich walk o Berlin. W kwietniu 1945 r. w randze SS-Hauptsturmführera został zastępcą dowódcy 3 batalionu i jednocześnie szefem oddziału bezpieczeństwa w sztabie dywizji.
Podczas ostatnich tygodni wojny próbował skontaktować się ze szwedzką ambasadą, aby uratować swoich ludzi, ale bez skutku. Został z tego powodu oskarżony o niesubordynację i aresztowany, ale zwolniono go po kilku dniach. W pierwszych dniach maja rozkazał ostatnim ocalałym żołnierzom jego starej kompanii próbować ucieczki na zachód. Jednakże krótko po tym znaleźli się oni pod ciężkim ogniem sowieckim. Samochód, którym jechał Hans-Gösta Pehrsson, został trafiony, w wyniku czego został on ranny, a jego kierowca SS-Unterscharführer Ragnar Johansson zabity. Udało mu się mimo tego ukryć w jednym z mieszkań, gdzie przesiedział przez 2 dni. Następnie próbował zdobyć cywilne ubranie od napotkanej kobiety, ale przyprowadziła ona żołnierzy sowieckich, którzy go aresztowali i zabrali do obozu jenieckiego.