W latach 1920–1921 w rządzie Wincentego Witosa objął ministerstwo przemysłu i handlu. Jako zwolennik wolnego rynku zlikwidował działające wcześniej urzędy etatystyczne: węglowy, naftowy, zbożowy. Nazywany był papieżem polskiego liberalizmu.

W 1921 dla uczczenia zasług inż. Stefana Przanowskiego – ówczesnego ministra przemysłu i handlu w Kopalni Soli w Wieliczce jednej z grot solnych nadano nazwę – komora Przanowski.

W czerwcu 1922 w czasie przesilenia rządowego desygnowany na premiera, gabinetu nie stworzył, gdyż nie uzyskał poparcia Naczelnika Państwa – Józefa Piłsudskiego. W 1922 kandydował do Sejmu RP z listy Centrum Mieszczańskiego, nie uzyskał jednak mandatu (wobec słabego wyniku całej listy); Przanowski wycofał się z polityki i pozostał przy działalności gospodarczej.

Przez wiele lat (1918–1930) był dyrektorem naczelnym, a następnie – od 1934 do śmierci w 1938 – prezesem Rady Nadzorczej Towarzystwa Akcyjnego Fabryk Metalowych „Norblin, Bracia Buch i T.Werner” w Warszawie.