Przywrócono ustrój demokratyczny i wkrótce inne miasta jońskie przyłączyły się do buntu przeciwko Persom, rozpoczynając tym samym Powstanie jońskie.
Arystagoras udał się do Grecji właściwej, szukając poparcia. W Sparcie rozmawiał z królem Kleomenesem, starając się przekonać go do wyprzedzającego ataku na Persję, co miało być łatwe oraz zaowocować zagarnięciem wielu łupów po drodze, zważając również na to, że stolica – Suza – znajdowała się w odległości „zaledwie” trzech miesięcy marszu od wybrzeża. Kleomenes odmówił, ale Arystagoras miał więcej szczęścia w Atenach, ponieważ, jak pisał Herodot, „łatwiej przekonać tysiąc Ateńczyków niż jednego spartańskiego króla”. W rzeczywistości Ateny uznawały się za opiekuna wszystkich Jonów i uważały za swój obowiązek przyjść im z pomocą.
Korzystając z ateńskich posiłków, Arystagoras przypuścił zwycięski atak na Sardes, stolicę tzw. satrapii europejskiej. Gdy po klęsce pod Efezem tempo ofensywy jońskiej ustało (a Histiajos ponownie został tyranem), Arystagoras, przewidując ostateczną klęskę powstania, zbiegł do Tracji, gdzie jego wuj założył kilkanaście lat wcześniej kolonię Myrkinos nad brzegami