W kraju występują liczne zbiorniki krasowych wód podziemnych.
Największe rzeki przepływające przez Chorwację to:
Dunaj – całkowita długość: 2850 km, wpływa do Morza Czarnego Drawa – całkowita długość: 725 km, wpływa do Dunaju, a potem do Morza Czarnego Sawa – całkowita długość: 940 km, wpływa do Dunaju, a potem do Morza Czarnego
Chorwacja nie ma dużych naturalnych jezior, największym z nich jest Vransko o powierzchni 30,7 km².
thumb|left|230px|Krk – park narodowy
Flora i fauna
Strefę roślinną można podzielić na dwa obszary. W głębi lądu, zwłaszcza na terenach górskich występuje roślinność typowa dla strefy klimatu umiarkowanego. Lasy w kraju zajmują 35%. Przeważają lasy bukowo-dębowe, które skupiają się w części północno-wschodniej, zaś w górach rosną lasy iglaste. W strefie nadmorskiej występuje roślinność śródziemnomorska, gdzie dominują zarośla typu makia, oraz palmy. Sztucznie wprowadzone zostały agawy i cyprysy.
W lasach Chorwacji żyją wilki i rysie, a wysoko w górach kozice. Na obszarach krasowych licznie występują węże jak np. żmije, oraz jaszczurki.
Ochrona przyrody thumb|160px|Mapa parków narodowych Na terenie Chorwacji znajduje się osiem parków narodowych.