Za zwycięstwo w meczu przyznawano 3 punkty, natomiast w przypadku remisu organizowano konkurs rzutów karnych, którego zwycięzca otrzymywał 2 punkty, a przegrany - 1 punkt. Pierwszy etap W pierwszym etapie kluby z grupy A grały tylko i wyłącznie z klubami z grupy B. Kolejka 1 DataMecz2 września 1988EC Bahia - Bangu AC 1:1, karne 6:5Renato - André Luís2 września 1988EC Vitória - America FC 0:0, karne 5:34 września 1988Santa Cruz FC - Sport Recife 0:1Baiano4 września 1988Goiás EC - Guarani FC 0:1Pedrinho Maradona4 września 1988SE Palmeiras - Santos FC 1:1, karne 4:3Gaúcho - Nildo4 września 1988Cruzeiro EC - Atlético Mineiro 0:0, karne 4:54 września 1988Botafogo FR - Fluminense FC 1:1, karne 4:5Cláudio Adăo - Marcelo Henrique4 września 1988CR Vasco da Gama - CR Flamengo 1:0Sorato4 września 1988Corinthians Paulista - São Paulo 0:1Renatinho4 września 1988Grêmio Porto Alegre - SC Internacional 1:0Zé Roberto4 września 1988Coritiba FBC - Athletico Paranaense 1:0Édson Borges4 września 1988Criciúma - Portuguesa 1:1, karne 4:5Paulo Gaúcho - Toninho