Kolejne tury Pucharu Challenge (1/16 finału, 1/8 finału i ćwierćfinały) toczone są na identycznych zasadach dwumeczu (jednak do sezonu 2015/2016 w III rundzie do 16 zwycięzców par II rundy dołączonych zostawało 16 przegranych 1/16 finału Pucharu CEV). Czwórka triumfatorów dwumeczów ćwierćfinałowych uzyskuje promocję do półfinałów, a zwycięzcy tych par do finałów. Zarówno finały jak i półfinały rozrywane są na dotychczasowych zasadach dwumeczów.
Do sezonu 2009/2010 dla zwycięzców ćwierćfinałów organizowano turniej Final Four, odbywający się w hali jednego z uczestników. Przed jej rozpoczęciem metodą losowania wyłaniane były obydwie pary półfinałowe, które rozgrywały ze sobą po jednym spotkaniu, zaś ich zwycięzcy awansowali do pojedynku finałowego. Jego triumfator zostawał zwycięzcą danej edycji Pucharu Challenge. Faza rozgrywekLiczba zespołówUwagiI runda różnaopcjonalnaII runda różna-1/16 finału 32zwycięzcy II rundy + drużyny rozpoczynające od 1/16 finału1/8 finału 1616 zwycięzców III rundy1/4 finału (ćwierćfinały) 88 zwycięzców 1/8 finału1/2 finału (półfinały) 44 zwycięzców 1/4 finałuFinał 22 zwycięzców 1/2 finału