W czerwcu uczestniczył w natarciu na stolicę Transwalu, Pretorię. Następnie przez ponad trzy tygodnie prowadził działania w rejonie miasta Middelburg, a potem przeniósł się do wschodniej części Transwalu, prowadząc nieustanne walki z Burami. W styczniu 1901 Dywizja Kawalerii została podzielona na kilka kolumn, a Allenby otrzymał dowództwo nad jedną z nich. Pod jego rozkazami znajdowały się dwa regimenty kawalerii, bateria artylerii konnej i batalion piechoty. Przez kolejnych osiemnaście miesięcy brytyjskie wojska były zaangażowane w walki typu partyzanckiego. Małe komanda Burów napadały na konwoje zaopatrzeniowe i Allenby musiał wykazać się dużą odwagą oraz energicznością w pościgach za nimi. Pod koniec 1901 Allenby rozchorował się i spędził 10-dniowy urlop w Durbanie. Po wyleczeniu powrócił do służby. Dwa lata nieustannych walk, bez odpoczynku i stałego miejsca zakwaterowania, sprawiły, że zaczął on odczuwać pierwsze oznaki stresu i przemęczenia. W maju 1902 do południowej Afryki przyjechała jego żona, która dołączyła do niego w Transwalu. 31 maja 1902 podpisano pokój w Vereeniging. Allenby zyskał podczas tej wojny duże uznanie swojego dowódcy, Horatio Kitchenera.