Pod względem administracyjnym i zaopatrzenia podlegają one dowództwom odpowiednich okręgów wojskowych Sił Zbrojnych Federacji Rosyjskiej (Flota Czarnomorska z dowództwem w Sewastopolu podlega dowództwu Południowego Okręgu Wojskowego), natomiast pod względem operacyjnym – Głównemu Dowództwu Marynarki Wojennej Federacji Rosyjskiej.
Flota Czarnomorska (CzF) jest środkiem zapewnienia bezpieczeństwa militarnego Rosji na Południu, do wypełnienia zadań wyposażona w okręty podwodne o napędzie klasycznym, okręty nawodne oceaniczne i do działań lokalnych, lotnictwo morskie – myśliwskie, rakietowe i zwalczania okrętów podwodnych oraz oddziały wojsk brzegowych.
Główne cele Floty Czarnomorskiej: ochrona stref ekonomicznych i obszarów działalności przemysłowej, zwalczanie nielegalnej działalności produkcyjnej; zapewnienie bezpieczeństwa żeglugi; realizacja polityki zagranicznej rządu w ważnych gospodarczo obszarach światowych wód morskich (wizyty polityczne i gospodarcze, wspólne ćwiczenia, operacje w składzie sił pokojowych itp.).