Po zwycięstwie bolszewików rozpoczęto odbudowę Floty Czarnomorskiej, którą zakończono w 1928. Początkowo nosiła ona nazwę Morskich Sił Morza Czarnego, 11 stycznia 1935 zmienioną na Flotę Czarnomorską. W 1930 roku przebazowano tam z Bałtyku pancernik „Pariżskaja Kommuna”, z większych okrętów miała wówczas ponadto trzy krążowniki.
II wojna światowa thumb|Pomnik Floty Czarnomorskiej w Muzeum Wojny Ojczyźnianej w Moskwie
W chwili ataku Niemiec na ZSRR 22 czerwca 1941 roku, Flota Czarnomorska stanowiła drugą co do wielkości radziecką flotę po Flocie Bałtyckiej i obejmowała jeden przestarzały pancernik („Pariżskaja Kommuna”), pięć krążowników (w tym dwa nowoczesne ciężkie), 16 niszczycieli, 44 okręty podwodne, dwa dozorowce, cztery kanonierki, stawiacz min, 16 trałowców i mniejsze lub pomocnicze jednostki. W pierwszych dniach wojny lotnictwo niemieckie wyeliminowało większość floty i zniszczyło bazy morskie floty, jednak mimo strat odegrała ona aktywną rolę w wojnie przy obronie miast, ewakuacji wojsk i operacjach desantowych.
Dowódcami Floty byli w czasie wojny: admirał F. Oktjabrski (22 czerwca 1941 – 23 kwietnia 1943, 28 marca 1944 – 9 maja 1945), wiceadmirał Ł. Władimirski (23 kwietnia 1943 – 10 marca 1944) i wiceadmirał N.