Zdecydowana większość okrętów została na skutek podziału przejęta przez Rosję, która zachowała możliwość korzystania z bazy w Sewastopolu i utrzymała Flotę Czarnomorską jako związek operacyjno-strategiczny. Według ustaleń z 1995 roku, Rosja miała przejąć 81,7%, a Ukraina 18,3% okrętów. Już wcześniej Rosja zabrała niektóre okręty do innych flot, a Ukraina przejęła nieliczne jednostki w innych portach. W pierwszej połowie lat 90. skasowano jednak lub odstawiono w niesprawnym stanie dużą liczbę okrętów bojowych i pomocniczych. Nieliczne jednostki skierowano do długotrwałych remontów. Z około 40 okrętów podwodnych pozostał w 1996 roku sprawny jeden (B-871), a drugi został przejęty przez Ukrainę. Z 22 dużych okrętów nawodnych (od dozorowców proj. 1135 wzwyż) wchodzących w skład 150. Brygady i 30. Dywizji pozostało sześć sprawnych. Oprócz nich, wycofano też kilka dużych jednostek znajdujących się na przełomie dekad w remoncie. Wycofano także część mniejszych okrętów, okrętów desantowych i specjalnych oraz dużą część licznej floty różnorodnych jednostek pomocniczych. Ogółem do połowy lat 90. wycofano około 120 okrętów bojowych i zabezpieczających ich działania.