Autor i redaktor ponad dwustu publikacji, wśród których jednymi z najważniejszych są: wydana przez Ossolineum po raz pierwszy w 1963 napisana wspólnie z Alfredem Koniecznym książka Upadek „Festung Breslau” oraz opracowany również z A. Koniecznym pamiętnik księdza Paula Peikerta, wydany w 1966 pt. „Festung Breslau” in den Berichten eines Pfarrers. 22. Januar bis 6. Mai 1945. Redagował także cykl „Studia nad Faszyzmem i Zbrodniami Hitlerowskimi”.
Od 1989 był członkiem założycielem Fundacji „Krzyżowa” dla Porozumienia Europejskiego oraz Towarzystwa im. Edyty Stein, w latach 1991–1993 współzałożycielem Uniwersytetu Europejskiego „Viadrina” we Frankfurcie nad Odrą, w którym był także wykładowcą. Był także członkiem korespondentem Wydziału II Polskiej Akademii Umiejętności.
Córką Karola Joncy jest Magdalena Jonca, prof. nauk humanistycznych na str. tuwrocław.com, [dostęp 2017-10-27]., historyk literatury polskiej, profesor Uniwersytetu Wrocławskiego.