Okres 1939-1945 Po kampanii wrześniowej harcerze i instruktorzy z hufca już w październiku zawiązali konspirację. Pierwsze działania na tym polu były podjęte przez Ludwika Bergera i harcerzy z 71 WDH i 14 WDH. Założony przez nich oddział dał początek pułkowi Baszta, który w czasie powstania został skierowany do walk na Mokotowie. Piosenkę „Hej chłopcy, bagnet na broń!” Krystyna Krahelska „Danuta” napisała na osobiste zamówienie Bergera w jego mieszkaniu na ul. Czarnieckiego.
W tym okresie hufiec brał udział w akcji „Dziś – Jutro – Pojutrze”.
Harcerze z hufca zasilili oddziały powstańcze walczące podczas Powstania Warszawskiego.
Okres 1945-1956 W 1945 roku na terenie Żoliborza harcerki i harcerze wciąż działali jako dwa oddzielne hufce. Siedziba ich komend mieściła się na ulicy Pogonowskiego, w willi podarowanej harcerstwu jeszcze przed wojną. W 1945 roku komendantką hufca była Teodora Kamińska-Dąbrowska, pseudonim „Tośka”, a po niej komendę przejęła Jadwiga Łodyńska-Wąsowicz. Najprawdopodobniej funkcję tę pełniły wcześniej także Elżbieta Węgrzynowicz i Maria Kupczyńska, niestety nie wiadomo w jakich latach i w jakiej kolejności. Hufcem męskim kierowali w tamtym okresie Zygmunt Kaczyński, pseudonim „Wesoły” i Henryk Koński, ale w ich przypadku także trudno określić konkretne ramy czasowe.