Kompozytor Jako kompozytor Kleczyński miał w dorobku utwory fortepianowe, pieśni solowe, duety wokalne, utwory chóralne, a także wspomniane opracowania ludowych melodii z Podhala. Część wczesnych utworów – Trio fortepianowe g-moll, Sonata skrzypcowa i Romans na wiolonczelę – nie zachowała się. Pewną popularnością cieszyły się jego pieśni, utrzymane w nastroju lirycznym, do słów Adama Asnyka, Mariana Gawalewicza, Leonarda Sowińskiego. Kleczyński adresował swoje kompozycje głównie do amatorów i chociaż jego dorobek w tym zakresie został przyćmiony pracą redakcyjną czy popularyzatorską, to utwory te wydawano jeszcze po II wojnie światowej (1951, 1953). Za życia Kleczyńskiego jego kompozycje, poza wykonaniami własnymi twórcy i wieczorami Warszawskiego Towarzystwa Muzycznego, prezentowano w Pradze (1880, 1887), Krakowie (1884, 1885), Lwowie (1885).
Jan Kleczyński jako szachista Niezależną kartę w życiorysie Jana Kleczyńskiego stanowi jego kariera szachowa. Muzyk poznał królewską grę w czasie paryskich studiów, odwiedzając słynny szachowy lokal „Café de