Według rzecznika interesu publicznego od 1973 do 1975 był typowany przez wywiad PRL do współpracy, a w latach 1975–1980 zarejestrowany jako tajny współpracownik. W toku procesu lustracyjnego zarzucono politykowi, że w 1973 zgodził się na pomoc „w rozpoznaniu instytutów politologicznych w USA”. Jerzy Jaskiernia zaprzeczył stawianym zarzutom. Ostatecznie Sąd Najwyższy w 2009 oczyścił go z zarzutu „kłamstwa lustracyjnego”, uwzględniając jego kasację i zmieniając niekorzystny dla niego wyrok Sądu Apelacyjnego w Warszawie.

W latach 1991–2005 był posłem I, II, III i IV kadencji Sejmu RP. Był m.in. członkiem Komisji Ustawodawczej, która przygotowała tekst Małej Konstytucji RP (1992), a od 1994 przewodniczącym Podkomisji organów władzy ustawodawczej, wykonawczej i samorządu terytorialnego w Komisji Konstytucyjnej Zgromadzenia Narodowego. Od 7 marca 1995 do 7 lutego 1996 zajmował stanowisko ministra sprawiedliwości w rządzie Józefa Oleksego. W 2001 został wybrany z nowo utworzonego okręgu kieleckiego, w trakcie IV kadencji do stycznia 2004 pełnił funkcję przewodniczącego klubu parlamentarnego Sojuszu Lewicy Demokratycznej. Był także przewodniczącym Komisji Spraw Zagranicznych (2001–2005), a wcześniej Komisji Ustawodawczej. Od 1994 do 2005 zasiadał w Zgromadzeniu Parlamentarnym Rady Europy w Strasburgu.