Mimo tych trudności zostały opracowane skuteczne metody badania zawartości kokcydiostatyków głównie przy użyciu spektrometrii mas.
Główne przyczyny skażenia jaj antybiotykami jonoforowymi: przedłużenie okresu podawania paszy z kokcydiostatykami kurczętom przeznaczonym na nioski ponad zalecany okres od 12 do 16 tygodni podawanie nioskom paszy zanieczyszczonej nawet niewielkimi ilościami kokcydiostatyków
Główne przyczyny zanieczyszczenia żywności kokcydiostatykami: pomyłki ludzkie przy produkcji pasz lub podawaniu leków zanieczyszczenie pasz podczas produkcji nieprzestrzeganie okresu karencji obieg wtórny substancji lub jej metabolitów z odchodów (głównie dotyczy hodowli ściółkowej) interakcje z innymi lekami wydłużające okres półtrwania indywidualne uwarunkowania biologiczne zwierząt, tj. wiek, płeć, różnice metaboliczne, choroba
Metody alternatywne Od 1 stycznia 2013 roku rozporządzeniem 1831/203/EC podjęto decyzję o zakazie dalszego dodawania kokcydioststyków do pasz dla zwierząt. Nie opracowano innych metod zapobiegania i zwalczania kokcydiozy.