Po detronizacji króla towarzyszył mu w podróżach do Grodna i Petersburga, gdzie kontynuował badania nad początkami Słowiańszczyzny. Po śmierci Stanisława Augusta został mianowany przez Pawła I rzeczywistym radcą stanu i nominalnie sprawował dozór nad wywiezioną Biblioteką Załuskich. 1802-1804 w Granowie u A.J. Czartoryskiego. Następnie był rezydentem w Tulczynie u Szczęsnego Potockiego. W Tulczynie spędził ostatnie lata życie i tutaj zmarł; spoczywa na miejscowym cmentarzu.
Z przekonania S. Trembecki był deistą, antyklerykałem i zwolennikiem libertynizmu o wolteriańskim zabarwieniu.
Twórczość thumb|200px|Stanisław Trembecki, litografia anonimowa z XIX w. Debiutował na początku lat siedemdziesiątych XVIII wieku. Jednak literatem był z przymusu i niechętnie (np. najsłynniejszy swój poemat napisał w zamian za możliwość rezydowania w Tulczynie).
Drażniła go własna twórczość, często podpisywał się cudzymi nazwiskami (używał prawdopodobnie 14 pseudo-, krypto i allonimów) lub wręcz pisał dzieła anonimowe, przez co trudno ustalić jego teksty.
W swej twórczości literackiej przesiąknięty był wpływami literatury i kultury francuskiego klasycyzmu. Tworzył wiersze polityczne, bajki, poematy (najbardziej znany to Sofiówka z 1806).