Wieś była własnością szlachecką i stosunkowo często przechodziła z rąk do rąk. W roku 1415 syn Jana z Niezwojowic, również Jan, sprzedał Boleń Janowi z Łysobarku. W 1432 właścicielem wsi w wyniku podziału dóbr został Jan z Kończyc, w 1458 nabył ją Jan Burzyński z Janiny, zaś w roku 1465 Katarzyna, żona Stanisława z Młodziejowic herbu Stary Koń. W tamtym okresie we wsi żyło 5 kmieci, ponadto znajdował się w niej dwór rycerski oraz karczma z osobnymi polami. Wieś znajdowała się w rękach rodziny Młodziejowskich do roku 1528, kiedy to Andrzej syn Stanisława z Młodziejowic, kasztelana sandomierskiego, darował Janowi Mężykowi Słaboszowi z Putniowic wszystkie swoje dobra dziedziczne w tym Boleń.
Okres zaborów Po III rozbiorze Polski miejscowość znalazła się w granicach zaboru austriackiego. W wyniku ustaleń kongresu wiedeńskiego w 1815 r., Boleń wraz z 244 innymi miejscowościami wszedł w skład Rzeczypospolitej Krakowskiej.
Po zaanektowaniu Rzeczypospolitej Krakowskiej przez Austrię w 1846 r., miejscowość przynależała do państwa Habsburgów aż do odzyskania przez Polskę niepodległości w 1918 roku.