Realizował również scenografię dla innych teatrów w Polsce, m.in. dla sztuk reżyserowanych przez Adama Hanuszkiewicza, Kazimierza Kutza, Stanisława Różewicza oraz dla filmów Westerplatte, Krzyż Walecznych i innych.
thumb|240px|left|Ołtarz papieski projektu Mariana Kołodzieja, obecnie znajdujący się w gdańskim Matemblewie thumb|240px|„Klisze pamięci” w Harmężach Był twórcą ołtarza papieskiego w Gdańsku podczas pielgrzymek papieża Jana Pawła II w latach 1987 i 1999. W 1997 został Honorowym Obywatelem Miasta Gdańska. W ostatnich latach w swojej twórczości zaczął poruszać tematykę obozową. Stworzył cykle prac, odwołujących się do osobistych przeżyć z pobytu artysty w KL Auschwitz-Birkenau, których stała wystawa pt. „Klisze pamięci – labirynty” znajduje się we franciszkańskim Centrum św. Maksymiliana w Harmężach k. Oświęcimia.
W 2004 w Nadbałtyckim Centrum Kultury przedstawił wystawę cyklu portretów „A to Polska właśnie. Theatrum Mariana Kołodzieja”, przedstawiających znanych polityków, biznesmenów i artystów, pokazując ich w krzywym subiektywnym zwierciadle swojej sztuki.
Był żonaty z Haliną Słojewską, aktorką Teatru Wybrzeże.
13 października 2009 w wieku 88 lat zmarł w szpitalu w Gdańsku. 23 października 2009 prochy artysty spoczęły w podziemiach kościoła oo. franciszkanów pw.