Kościół franciszkański Klasztor wraz z kościołem został ufundowany w końcu XIII w. Zakonnicy zostali sprowadzeni do Choszczna po 1285 roku. Założenie klasztorne zostało usytuowane w południowo-zachodnim kwartale miasta, tuż koło obwarowań obronnych. Zespół klasztorny tworzył według K. Berga zamknięty czworobok, składający się z kościoła od północy i z połączonych z nim trzech skrzydeł. W środku znajdował się wirydarz. Kościół klasztorny-bezwieżowy, trójnawowy, z zamkniętym trójbocznie prezbiterium, miał długość 49m. A szerokość 17m. Od strony południowej przylegał do kościoła klasztor z krużgankiem i kapitularzem, oddzielony od kościoła wysoką sienią. Do końca XIX wieku przetrwała jedynie ruina kościoła i skrzydło wschodnie, gdzie zachowała się kamienna płyta z 1313 roku. Pierwszy raz klasztor spłonął 20 lipca 1511 roku, drugi raz z kościołem 24 marca 1637. W 1650 r. zawaliła się ściana frontowa kościoła. Nie odbudowano go i w XVIII w. Stały już tylko mury obwodowe. Klasztor funkcjonował w Choszcznie do pocz. XVI w. Reformację tutaj przeprowadził w 1536 roku Jerzy Buchholtzer.