Warunki geologiczne Myślenice leżą na obszarze okna tektonicznego, położonego strefie antyklinalnej, tzw. strefie lanckorońsko-żegocińskiej. Spod płaszczowiny śląskiej ukazują się tu ogniwa górnej kredy i eocenu płaszczowiny podśląskiej. Południowy brzeg tego okna przebiega przez centrum miasta, na południe od Rynku. W południowym obramieniu okna występują ogniwa dolnokredowe, należące do górnych warstw płaszczowiny śląskiej, z którymi kontaktują się już warstwy krośnieńskie. Są one zluźnione w stosunku do podłoża i przesunięte ku północy pod naciskiem płaszczowiny magurskiej, która buduje wzgórza na południe od miasta.
Dzielnice Miasto dzieli się na sześć dzielnic: Centrum; Chełm; Dolne Przedmieście; Górne Przedmieście; Osiedle Tysiąclecia; Zarabie – oddzielona od pozostałej części miasta Rabą dzielnica turystyczna, w której ulokowane są liczne atrakcje (m.in. kolej linowa, kąpielisko, park linowy i skatepark).