Pseudomonas aeruginosa są szczególnie częstą przyczyną szpitalnych ZUM. Wirusy są rzadkim czynnikiem etiologicznym ZUM dzieci, najczęściej są to adenowirusy. Zakażenia grzybicze mogą być skutkiem antybiotykoterapii, u młodzieży czynnikiem ZUM może być Chlamydia trachomatis.
U dorosłych pałeczka okrężnicy jest przyczyną 80–85% przypadków zakażenia układu moczowego, a Staphylococcus saprophyticus – 5–10%. Rzadko dochodzi do zakażenia wirusowego lub grzybicznego. Innymi bakteriami wywołującymi ZUM są: Klebsiella, Proteus, Pseudomonas aeruginosa oraz Enterobacter. Są one jednak rzadko spotykane i zazwyczaj związane z nieprawidłowościami lub cewnikowaniem układu moczowego. Zakażenia układu moczowego wywołane przez Staphylococcus aureus zazwyczaj występują wtórnie bakteriemii.
Seks Wśród młodych kobiet aktywność seksualna jest przyczyną 75–90% przypadków zakażenia dolnych dróg moczowych, a ryzyko infekcji wiąże się z częstotliwością stosunków seksualnych. Zjawisko to otrzymało nazwę „zapalenia pęcherza miodowego miesiąca”, ponieważ ZUM często występowało u młodych mężatek. U kobiet po menopauzie aktywność seksualna nie ma wpływu na ryzyko infekcji układu moczowego.