W 1940 Niemcy utworzyli tutaj getto, którego mieszkańcy 21 sierpnia 1942 zostali wywiezieni i wymordowani w obozie zagłady w Treblince. Blisko tysiąc osób zostało rozstrzelanych na dzisiejszym Starym RynkuEmil Noiński, Likwidacja getta żydowskiego w Mińsku Mazowieckim w świetle relacji i wspomnień naocznych świadków, „Rocznik Mińskomazowiecki” 2006, z. 14..
Po opuszczeniu miasta przez okupanta AK przejęło nad nim kontrolę 30 lipca 1944, ale nazajutrz weszła Armia Czerwona. W nocy z 2 na 3 marca 1945 roku, NKWD zamordowało 7 przedstawicieli mińskiej elity, w tym burmistrza Hipolita Konopkę.
W okresie od 1 czerwca 1975 do 31 grudnia 1998 powiat miński nie istniał, zaś miasto wchodziło w skład woj. siedleckiego. W roku 1984 dokonano ostatniego dużego powiększenia miasta, m.in. o Kędzierak i Anielinę.
Nazwa Nazwa Mińska pochodzi od rzeki Mieni, której nazwa jest z kolei związana ze słowem „mienić”. Przymiotnik „Mazowiecki” ma odróżniać miasto od Mińska na Białorusi.