Wiosną 1946 batalion został podporządkowany 9 Dywizji Piechoty, która 18 maja 1945 przeszła z podporządkowania 1 Armii WP w podporządkowanie Naczelnego Dowódcy WP i została skierowana w rejon Bieszczadów, do walki z podziemiem. 9 Dywizja, a wraz z nią 20 bsap, od 8 kwietnia do 9 października 1946 działała w Grupie Operacyjnej „Rzeszów”, walcząc w powiatach Sanok, Krosno, Lesko, Gorlice, Brzozów, Jasło, Rzeszów, Przemyśl, Jarosław, Lubaczów, Przworsk, Łańcut. Od 30 października 1946 batalion stacjonował w garnizonie Rzeszów. W 1946 brał udział w wytyczaniu granicy państwowej Polska – ZSRR. Od 24 kwietnia do 30 września 1947 w ramach Grupy Operacyjnej „Wisła”, w szeregach 9 Dywizji Piechoty, batalion walczył na tzw. obszarze „R” przeciwko bandom Ukraińskiej Armii Powstańczej. We wrześniu 1947 przeniesiony został do Dębicy, a we wrześniu następnego roku do Łańcuta. W późniejszym okresie prowadził rozminowywanie powiatów: mieleckiego, dębickiego, lubaczowskiego, jasielskiego, sanockiego i łańcuckiego. Brał także udział w rozminowaniu powiatu krośnieńskiego oraz Przełęczy Dukielskiej. Batalion rozminował obszar ok. 12 000 km² (pola orne, łąki, lasy itp). Wykrył i unieszkodliwił ok. 1,7 mln min, bomb, pocisków innych materiałów wybuchowych.