Jej średni przepływ u wypływu z jeziora wynosi 110 m³/s, natomiast maksymalny przepływ – 345 m³/s.

Zagrożenie dla jeziora Podobnie jak większość alpejskich jezior centralnej Szwajcarii, jezioro Thun było wykorzystywane przez armię szwajcarską do składowania zbędnej amunicji i materiałów wybuchowych. Z uwagi na bliskość w stosunku do wojskowych magazynów, w latach 1945–1964 zatopiono w nim (w zależności od szacunków) od 3000 do 4600 ton (z przeszło 8000 ton dotychczas ujawnionych) bomb lotniczych, pocisków artyleryjskich, granatów, amunicji strzeleckiej i materiałów wybuchowych (w tym TNT). Poza wybuchowym, największym zagrożeniem są zawarte w amunicji metale ciężkie i inne toksyczne związki, których szkodliwe oddziaływanie m.in. na faunę jeziora jest ostatnio poważnie brane pod uwagę.

Po wielu latach przemilczania sprawy, problem amunicji zatopionej w jeziorze od 2003 r. jest oficjalnie rozpatrywany przez władze Konfederacji Szwajcarskiej.

Żegluga na jeziorze Od 1835 r. działa na jeziorze regularna żegluga pasażerska (dziś wykorzystywana prawie wyłącznie w celach turystycznych).