Lissowski prowadził także działalność popularyzatorską. Wygłaszał liczne prelekcje i organizował spotkania dyskusyjne.
W sierpniu 1939 powołany został do wojska i wziął udział w kampanii wrześniowej. Pełnił posługę kapelana 4 pułku strzelców konnych. Po klęsce armii polskiej wraz z innymi kapelanami WP został internowany w więzieniu w Łęczycy. Organizował tam i prowadził działalność duszpasterską. W październiku 1939 w czasie nabożeństw różańcowych tymczasowa kaplica więzienna wypełniała się po brzegi jeńcami. Około 15 października tego samego roku przez Łódź, Pabianice i Kępno więźniowie z Łęczycy zostali wywiezieni do Wrocławia, a stamtąd do Oflagu VII B w Eichstätt na terenie Bawarii. Tam także ks. Lissowski zorganizował parafię obozową i urządził kaplicę. Wraz z ks. Kazimierzem Krzyżanowskim, prefektem ze Skrwilna odprawiał Msze Święte, umożliwiając jeńcom korzystanie ze spowiedzi i komunii świętej.
W czasie pobytu w oflagu ks. Lissowski nie tracił woli wytrwania. Mimo pogłębiających się dolegliwości żołądka, zawsze był pełen nadziei i „optymistycznymi wiadomościami” pocieszał jeńców. Snuł także plany dalszej rozbudowy szkoły i zamiany jej na gimnazjum państwowe. W jednym z listów do ks.