W kwietniu 1885 powrócił jako minister spraw zagranicznych w rządzie Henri Brissona, którego następnie ponadto zastąpił na stanowisku premiera w styczniu 1886. Rząd jego upadł w grudniu 1886. Freycinet startował następnie bez powodzenia w wyborach na prezydenta Republiki przeciw Carnotowi.
W kwietniu 1888 Freycinet został ministrem wojny w gabinecie Charles Floqueta, będąc pierwszym cywilem na tym stanowisku od 1848. Utrzymał je następnie przez 5 lat, podczas kilku kolejnych rządów. Francja zawdzięcza mu w tym okresie reorganizację i modernizację armii. W okresie od marca 1890 do lutego 1892 był ponadto po raz czwarty premierem, który okres został zdominowany we Francji przez gorące debaty na temat roli Kościoła, co doprowadziło do upadku rządu. W styczniu 1893 zrezygnował z teki ministra wojny, na tle skandalu korupcyjnego dotyczącego budowy Kanału Panamskiego. Ponownie był ministrem wojny jeszcze na krótki czas między listopadem 1898 a majem 1899.
W latach 1915–1916 był ministrem bez teki. Napisał między innymi: La guerre en province pendant le siege de Paris (1872) i Souvenirs (3 t., 1911–1913).