Udając arabskich kupców Hornemann i Frendenburgh udali się do Oazy Siwa na zachód od depresji Kattara, gdzie udało im się dołączyć do karawany zdążającej do Marzuku, stolicy Fazzanu (w dzisiejszej południowo-zachodniej Libii), gdzie Frendenburgh zmarł na gorączkę tropikalną. W tej sytuacji, zamiast kontynuować podróż na południe, Hornemann udał się na północ, do Trypolisu nad Morzem Śródziemnym, dokąd dotarł w sierpniu 1799 roku. Stamtąd wysłał do Londynu szczegółowe sprawozdanie z dotychczasowych dokonań i po czterech miesiącach wyruszył znów przez Saharę na południe. Od tej pory nikt go już więcej nie widział.

Na ratunek W swym ostatnim liście Hornemann zastrzegał, by - dla jego własnego bezpieczeństwa - nie szukać go i nie pisać doń listów przez co najmniej trzy lata. Dlatego dopiero po upływie dłuższego czasu udała się do Afryki wyprawa Towarzystwa Afrykańskiego, która stwierdziła, że Hornemann dotarł do wiosek plemienia Hausa w dzisiejszym Nigrze i że prawdopodobnie był nad Jeziorem Czad.