21 grudnia 1945 podczas libacji alkoholowej zastrzelił usiłujących go zatrzymać 2 funkcjonariuszy PUBP w Pruszkowie: Ryszarda Rawińskiego i Wacława KwiatkowskiegoZ dokumentów Informacji Wojskowej wynika, że zastrzelił również matkę właściciela restauracji, Teofilę Olczak.. Potem podkomendni „Cienia” z Batalionu Ochrony Sztabu Generalnego WP przypuścili szturm na PUBP w Pruszkowie, jednak wycofali się po stracie 1 zabitego. Kowalski został za to aresztowany przez organa Informacji Wojskowej, jednak nie został ukarany, a otrzymał skierowanie do szkoły oficerskiej WP w Rembertowie. Później został przeniesiony do Korpusu Bezpieczeństwa Wewnętrznego. W listopadzie 1947 został dowódcą pułku KBW w Krakowie. 1 stycznia 1948 został podpułkownikiem. Od 25 listopada 1948 do 19 czerwca 1950 studiował w Akademii Sztabu Generalnego im. gen. Karola Świerczewskiego. Następnie objął stanowisko szefa wydziału w sztabie KBW.
Został aresztowany w 1951 w związku z zabójstwami Żydów na Lubelszczyźnie, dokonanymi w 1944 przez oddział dawnego dowódcy „Cienia”, Edwarda Gronczewskiego „Przepiórki”. 19 czerwca 1953 został skazany na 3 lata więzienia za „Nielegalne posiadanie broni i nadużycie władzy”Wyrok Wojskowego Sądu Rejonowego z 19.06.53 r., IPN, sygn.