6 listopada 1939 r. został aresztowany przez hitlerowców w ramach akcji „Sonderaktion Krakau”. Przebywał w więzieniach w Krakowie, Wrocławiu i w obozach koncentracyjnych Sachsenhausen oraz Dachau. Zwolniony w grudniu 1941 r. Powrócił do Krakowa, gdzie na zlecenie władz UJ podjął pracę w Institut für Deutsche Ostarbeit i brał udział w organizowaniu tajnego nauczania uniwersyteckiego. Prowadził je od kwietnia 1942, pełniąc funkcję Pełnomocnika Rektora do Spraw Tajnego Nauczania. Jego zasługi w tym zakresie zostały wysoko ocenione przez rektora, prof. Władysława Szafera. 24 stycznia 1945, objął obowiązki profesora, a w listopadzie 1945 został mianowany profesorem zwyczajnym nowo utworzonej katedry dialektologii słowiańskiej. Był też dyrektorem studiów słowiańskich.
W lipcu 1945 został wybrany członkiem Polskiej Akademii Umiejętności. Został pochowany w grobach rodzinnych w RabceZgon prof. Mieczysława Małeckiego Dziennik Polski 1946, nr 244 z 6 września, s. 6..
Zajmował się gramatyką historyczną języków słowiańskich. Napisał ponad 80 prac (w tym 8 książek), m.in.