Miejsce w Izbie Gmin utracił dwa lata później.
Rezygnacja Aitkena była spowodowana artykułem, który ukazał się w Guardianie 10 kwietnia 1995 r. W artykule opisano, jak Aitken, wówczas jeszcze minister stanu ds. zaopatrzenia armii, pozwolił zapłacić arabskiemu biznesmenowi za spędzoną przez siebie noc w paryskim holetu Ritz. Artykuł był owocem śledztwa dziennikarskiego Guardiana i dziennikarzy programu World in Action z Granada Television. Aitken zwołał jeszcze tego samego dnia konferencję prasową, w której zarzucił dziennikarzom kłamstwo i zapowiedział walkę o prawdę przed sądami. Aitken skierował sprawę do sądu, twierdząc, że noc w Ritzu spędziła jego żona. Dziennikarze przedstawili jednak dowody, że pani Aitken była w tym czasie w Szwajcarii.
Skarga Aitkena została oddalona, a on sam został oskarżony o składanie fałszywych zeznań i w 1999 r. skazany na 18 miesięcy pozbawienia wolności. W związku z wyrokiem zrezygnował z członkostwa w Tajnej Radzie. W więzieniu odsiedział tylko 7 miesięcy. W tym czasie, jak sam twierdził, przeszedł na chrześcijaństwo, zaczął czytać Biblię i nauczył się greki. Opisał to w dwóch autobiograficznych książkach: Pride and Perjury oraz Porridge and Passion, Niedługo po wyjściu z więzienia opuściła go żona. W czerwcu 2003 r. ożenił się ponownie z Elizabeth Harris.