Batalion uczestniczył w akcjach przeciwlodowych i przeciwpowodziowych, głównie u ujścia Wisły, oraz rozbijaniu zatorów lodowych blokujących porty.
Zgodnie z rozkazem nr 0124/Org Naczelnego Dowódcy Wojska Polskiego z 21 lipca 1946 batalion wyłączony został z 1 BSap i przekazany do dyspozycji Marynarki Wojennej. Jednocześnie przemianowano go na 52 batalion saperów MW i dyslokowano w Wejherowie.
W lipcu 1957 przemianowano batalion na 29 Kołobrzeski batalion saperów MW i zmienił on po raz kolejny garnizon na Dziwnów. W latach pięćdziesiątych XX w. zadania batalionu to głównie rozminowanie terenu i rozbudowa przeciwdesantowa wybrzeża.
30 grudnia 1959, na podstawie Zarządzenia Szefa SG WP nr 138/0rg., 3 batalion piechoty morskiej połączono z 29 Kołobrzeskim batalionem saperów morskich tworząc 3 pułk piechoty morskiej.
Według planów mobilizacyjnych z pułku wyłączano jednak batalion saperów morskich, który rozwijał się do stanu 652 żołnierzy i stawał się jednostką samodzielną. Batalion miał wydzielić na potrzeby pułku kompanię saperów z dwoma plutonami saperów i dwoma plutonami PTG o łącznym stanie osobowym 95 żołnierzy.
Na podstawie Zarządzenia Szefa Sztabu Generalnego WP nr 011/Org.