Większość wyposażenia wnętrza kościoła reprezentuje styl barokowy i rokokowy. Ołtarz główny, sześć ołtarzy bocznych, rokokowa ambona i niektóre mniejsze sprzęty pochodzą z warsztatu Piotra Korneckiego. Jego autorstwa jest też obraz patrona kościoła w ołtarzu głównym.
W prezbiterium wisi obraz flamandzkiego malarza barokowego Artusa Wolfforta, uważany za najcenniejszy element wyposażenia świątyniZatorski T., 2017: Uzdrowienie paralityka nad sadzawką Betesda Artusa Wolfforta w kościele św. Mikołaja w Bochni. Folia Historiae Artium, Seria Nowa, t. 15, strona 59. .
Kaplica św. Kingi została regotyzowana w latach 1892–1893 pod kierunkiem Tadeusza Stryjeńskiego i posiada jednolite neogotyckie wyposażenie wraz polichromią zaprojektowaną przez Jana Matejkę. Ołtarz z obrazem św. Kingi zbudowany jest w formie pseudotryptyku z nieruchomymi skrzydłami. Ponadto na ścianie kaplicy znajduje się gotyckie malowidło odkryte w 1966 roku.