Po rozwiązaniu Delty przeszedł do Legii Warszawa, z którą latem 2005 podpisał roczny kontrakt. Cały sezon 2005/2006 rozegrał w III-ligowych rezerwach Legii i zdobył w niej dwie bramki. Pod koniec sezonu doznał kontuzji – naderwał mięsień w przyczepie kości guza kulszowego. 30 czerwca 2006 wygasła jego umowa z Legią i choć pojechał z pierwszą drużyną na letnie zgrupowanie, a trener Dariusz Wdowczyk widział dla niego miejsce w zespole, to nie zaproponowano mu nowego kontraktu. Lewandowski często określał tę sytuację „pierwszym ciosem sportowym od życia”.
Znicz Pruszków W 2006 podpisał umowę z trzecioligowym Zniczem Pruszków. 6 czerwca 2007 strzelił dwa gole w meczu z Concordią Piotrków Trybunalski, po którego wygraniu 4:0 klub awansował do drugiej ligi. W ciągu dwóch sezonów strzelił dla Znicza 38 goli.. W sezonach 2006/2007 i 2007/2008 był królem strzelców odpowiednio trzeciej i drugiej ligi.