Pierwsza edycja Pyrkonu przypadła na rok 2000 i odbyła się w Szkole Podstawowej nr 21 przy ul. Łozowej 77 w Poznaniu. Było to niewielkie wydarzenie, które zgromadziło około 500 osób. Z roku na rok liczba uczestników rosła, a Pyrkon zajmował coraz większą powierzchnię. Jego atrakcje mieściły się w kilku budynkach: Gimnazjum nr 43 przy ul. Łozowej 53, Zespole Szkół Licealno-Technicznych nr 19 przy ul. 28 czerwca 1956 roku 352/360 oraz Hotelu Cezamet przy ul. Łozowej 78. O tym okresie mówi się jako o Pyrkonie “w szkole na Dębcu”.
W związku ze stale powiększającą się liczbą uczestników w 2011 roku została podjęta decyzja o przeniesieniu Pyrkonu ze szkół na Międzynarodowe Targi Poznańskie. Festiwal cały czas się rozrastał, a na atrakcje dla uczestników przeznaczane były kolejne hale targowe. Obecnie Pyrkon zajmuje większość powierzchni MTP, a rokrocznie przybywa na niego kilkadziesiąt tysięcy fanów fantastyki.
W roku 2020 organizatorzy ogłosili, że ze względu na zagrożenie związane z pandemią COVID-19 jubileuszowa, 20. edycja Pyrkonu nie odbędzie się, a nową datę spotkania wyznaczono na początek lipca 2021 roku.