Po przyłączeniu Gruzji do Rosyjskiego Imperium w 1801 r. klasztor Bodbe nadal rozwijał się pod opieką metropolity Bodbe Jana (Makaszwilego) i patronatem cara Aleksandra I. W 1823 klasztor odrestaurowano i ozdobiono malowidłami ściennymi. Po śmierci Jana monaster przekształcono w zwykłą parafię. Wcześniej Rosyjski Kościół Prawosławny zlikwidował autokefaliczny Gruziński Kościół Prawosławny i utworzył w Gruzji egzarchat co miało wpływ na spadek znaczenia Bodbe. Do lat 60. XIX w. klasztor podupadał, przywrócenia jego dawnej świetności podjął się archimandryta Makary (Batataszwili), który m.in. założył tu szkołę śpiewu. Kaplicę zawierającą relikwię św. Nino odnowił ikonograf Michaił Sabinin w latach 80. XIX w. W 1889 Bodbe odwiedził car Aleksander III. Z jego inicjatywy w miejscu tym utworzono klasztor żeński ze szkołą rzemiosła artystycznego.
W 1924 radziecki rząd zamknął klasztor, zamieniając go w szpital, a po rozpadzie Związku Radzieckiego w 1991 Bodbe na nowo zaczęło funkcjonować jako monastyr. Prace remontowe zostały wykonane pomiędzy 1990 a 2000;