W 2004 r. współpracowała z kontrowersyjnym holenderskim reżyserem Theo van Goghiem nad filmem „Podporządkowanie, cz. 1” o ucisku kobiety w islamskich kulturach. Tytuł odnosi się do pojęcia islam, które oznacza dosłownie „oddanie się Allahowi”. Film był atakowany przez holenderskich muzułmanów, którzy obwołali go obrazą dla islamu. Film pokazuje półnagie kobiety z tekstami z Koranu namalowanymi na ich ciałach. Van Gogh, bardzo krytycznie nastawiony do islamu, otrzymał szereg pogróżek i został zamordowany 2 listopada 2004 r. przez radykalnego muzułmanina. Po tym morderstwie m.in. Ali Hirsi otrzymała ochronę policyjną i anonimowe miejsce zamieszkania.
W 2005 r. została uznana za jedną ze stu najbardziej wpływowych osób w dzisiejszym świecie według tygodnika Time, została mianowana w kategorii „Przywódcy i rewolucjoniści”. W styczniu 2006 r. została jej przyznana przez europejskich wydawców magazynu Reader’s Digest nagroda „Europejczyk Roku 2006”. W 2010 na jej cześć nazwano odmianę uprawną tulipana.