Na sklepieniu widnieją Baranek Apokaliptyczny, 24 starców, serafiny oraz księga z siedmioma pieczęciami. Na chórze stoją okazałe organy o 26 głosach z I ćw. XVIII w. ufundowane przez księdza Grzegorza Ochabowicza, a nad chórem malowidło przedstawiające Objawienie św. Jana. Na pendentywach kopuły widnieją alegorie cnót kardynalnych, a na samej kopule wyobrażenia Chwały Pańskiej oraz nazwy czterech pierwszych soborów powszechnych.
Transept W prawym czyli południowo-wschodnim ramieniu transeptu znajduje się konfesja św. Jana Kantego zawierająca szczątki kanonizowanego w 1767 patrona Uniwersytetu Jagiellońskiego. Jest to monumentalny kamienny, barokowy ołtarz autorstwa Baltazara Fontany. Trumnę ze szczątkami świętego dźwigają 4 postacie mężczyzn wykute w kamieniu, symbolizujące 4 wydziały Akademii Krakowskiej: Teologiczny Filozoficzny Prawny Medyczny Na 4 kolumnach ustawionych dookoła ołtarza stoją posągi 4 świętych Janów – imienników profesora: Jan Chrzciciel Jan Ewangelista Jan Chryzostom Jan Damasceński Na trumnie stoi rzeźbiarskie popiersie Jana Kantego wykonane w XIX w. przez Franciszka Wyspiańskiego.
Polichromie na ścianach przedstawiające sceny z życia św. Jana Kantego wykonał Innocenti Monti, a Gloryfikację św.