Kilka tygodni po sekularyzacji w Kościele rzymskokatolickim został inkardynowany przez arcybiskupa Phillipa Zimmermana jako prezbiter do Reformowanego Kościoła Katolickiego.
Clericus vagans W grudniu 2009 roku w związku z rozwiązaniem struktur unii kościelnej, jaką był Reformowany Kościół Katolicki, Marek Bożek przestał być jego duchownym. Od tego czasu działa jako kapłan niezależny (clericus vagans). Nie podlega władzy żadnego biskupa, a jedynie członkom parafii św. Stanisława Kostki w St. Louis.
W 2019 roku Marek Bożek podjął kroki, których celem było inkardynowanie go, jako duchownego starokatolickiego, do diecezji Missouri Kościoła Episkopalnego Stanów Zjednoczonych Ameryki. Ostatecznie nie został jednak przyjęty do PECUSA. W 2020 roku opublikował oświadczenie o rezygnacji 1 listopada 2022 roku z dalszej pracy w parafii w St. Louis i powrocie do Polski.
Działalność misyjna w Polsce Od 2009 roku Marek Bożek współpracuje okazjonalnie ze starokatolickim Reformowanym Kościołem Katolickim w Polsce W czerwcu 2009 roku wizytował tę wspólnotę z ramienia prymasa RKK. Przewodniczył wówczas liturgii i udzielił bierzmowana jednemu z wiernych w kościele św. Krzyża w Poznaniu.