W czerwcu 2007 Portugalczyk był łączony z przenosinami najpierw do Aston Villi, a później do Liverpoolu. Oba te transfery ostatecznie nie doszły do skutku. W sezonie 2008/2009 Bruno Alves razem ze swoim klubem zdobył wszystkie krajowe trofea – mistrzostwo, Puchar oraz Superpuchar Portugalii. W rozgrywkach Primeira Liga zanotował 30 występów i strzelił 5 bramek. Zdobył między innymi zwycięskiego gola w wygranym 2:1 spotkaniu z lizbońskim Sportingiem. Za sezon 2008/2009 Alves został nagrodzony nagrodą dla najlepszego zawodnika ligowych rozgrywek.
3 sierpnia 2010 za 22 miliony euro Alves został sprzedany do rosyjskiego Zenitu Petersburg, gdzie dołączył do swoich rodaków Danny’ego i Fernando Meiry.
1 lipca 2013 roku został sprzedany z 5,5 mln euro do tureckiego Fenerbahçe SK.
6 czerwca 2016 został piłkarzem Cagliari, podpisując umowę do 2018 roku. Do włoskiego klubu został sprowadzony ze względu na swoją agresję, technikę i siłę fizyczną.
Alves powrócił do najwyższej włoskiej ligi latem 2018 roku, dołączając do niedawno awansowanej Parmy do końca czerwca 2019, jednak w lutym 2019 przedłużył kontrakt o rok. Grał we włoskim klubie aż do jego spadku do Serie B. 30 maja 2021 roku ogłosił opuszczenie klubu.