W jego skład wchodzą przedstawiciele państw członkowskich oraz Komisji Europejskiej, z których każdy ma prawo głosu. Każde państwo członkowskie mianuje po jednym członku zarządu oraz maksymalnie po dwóch zastępców. Kadencja członków oraz ich zastępców trwa cztery lata i może zostać przedłużona (art. 99).
Członkowie zarządu i ich zastępcy są mianowani z uwagi na ich wiedzę, uznane doświadczenie oraz zaangażowanie w dziedzinie lotnictwa cywilnego, z uwzględnieniem ich wiedzy fachowej w kwestiach zarządczych, administracyjnych i budżetowych, przydatnych do osiągnięcia celów niniejszego rozporządzenia. Członkowie muszą być ogólnie odpowiedzialni przynajmniej za politykę bezpieczeństwa lotnictwa cywilnego w swoich państwach członkowskich.
Do obowiązków zarządu należy m.in.:
mianowanie dyrektora wykonawczego oraz w stosownych przypadkach podejmowanie decyzji o przedłużeniu jego kadencji lub usunięciu go ze stanowiska; wykonywanie funkcji dotyczące budżetu Agencji; sprawowanie władzy dyscyplinarnej wobec dyrektora wykonawczego; przyjmowanie przepisów dotyczących zapobiegania konfliktom interesów i zarządzania nimi w odniesieniu do