Aby zapewnić jak największe bezpieczeństwo, awionikę oparto na własnym, całkowicie nowym rosyjskim systemie operacyjnym. Ma to zapewnić niezależność i ochronę przed możliwością ataków z zewnątrz. Oprogramowanie (FGFA) ma obecnie ok. 4 mln linii. O wysokiej jakości rosyjskiego systemu operacyjnego ma świadczyć jego wybór do programu rosyjsko-indyjskiego samolotu nowej generacji zamiast systemów amerykańskich jak VxWorks czy Integrity.
System oparty jest na rodzimym rosyjskim czterordzeniowym procesorze, a do transmisji danych ma wykorzystywać włókna optyczne. Dane prezentowane są na dwóch wyświetlaczach wielofunkcyjnych o dużych przekątnych. Udało się również znacząco zmniejszyć masę, która ma być dwukrotnie mniejsza niż masa starszego Bagiet-53-31M.
Obniżona wykrywalność Założeniem programu konstrukcyjnego PAK-FA, w wyniku którego opracowany został Su-57, było skonstruowanie samolotu o obniżonej wykrywalności, zwłaszcza w zakresie stealth radarowego. W opracowanej konstrukcji, czołowy przekrój radarowy czynny (RCS) wynosi 0,5 do 1 m², co jest przekrojem zbliżonym do RCS amerykańskiego Boeing F/A-18E/F Super Hornet 4. generacji bez podwieszonego uzbrojenia, i około 5000 razy większym od Lockheed Martin F-22 RaptorKonstantinos Zikidis, Alexios Skondras: Low Observable Principles, s.