Pełnił funkcję wicedyrektora Instytutu Historii (1991–1992), dziekana Wydziału Historycznego (1996–1999), a wreszcie prorektora UJ ds. dydaktyki (1999–2005). Do 2021 r. kierował Zakładem Antropologii Historycznej w Instytucie Historii UJ. Pracował także w Instytucie Historii Państwowej Wyższej Szkoły Wschodnioeuropejskiej w Przemyślu. Był promotorem trzydziestu prac doktorskich.
W 1999 roku zgłoszono jego kandydaturę na Prezesa Instytutu Pamięci Narodowej. Kandydatura została zaakceptowana przez Kolegium Instytutu Pamięci Narodowej. 19 stycznia 2000 roku w głosowaniu kolegium IPN zatwierdzono kandydaturę Andrzeja Chwalby i przedstawiono Marszałkowi Sejmu do dalszej procedury wyboru prezesa IPN. 24 stycznia 2000 roku Chwalba złożył rezygnację z ubiegania się o stanowisko prezesa IPN w następstwie podania do wiadomości przez środki publicznego przekazu informacji o jego przynależności do Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej. 8 lutego 2000 roku rektorska komisja ds. etyki nauczycieli akademickich Uniwersytetu Jagiellońskiego w swej opinii przedstawionej rektorowi sugerowała urlopowanie profesora. 15 lutego Chwalba udał się na półroczny urlop naukowy.