Tego typu analizy przeprowadza się zazwyczaj przy pomocy specjalistycznych programów komputerowych.
thumb|Rozdzielczość spektrometru mas. Linie niebieskie ilustrują jak wyglądałoby widmo zmierzone przez analizator o rozdzielczości nieskończenie wielkiej, linie zielona i czerwona – widmo zmierzone przez analizatory o rozdzielczości 200 i 2000 (wszystkie 3 przypadki dotyczą tej samej substancji).
Rozdzielczość spektrometru mas Rozdzielczość jest jednym z najważniejszych parametrów charakteryzujących spektrometr mas. Miarą rozdzielczości spektrometru jest zdolność do rozróżnienia dwóch jonów o pewnej różnicy stosunku masy do liczby ładunków elementarnych jonów (m/z). Spektrometr o rozdzielczości 1000 umożliwia rozróżnienie dwóch cząsteczek o m/z równym np. 1000 i 1001. Można przyjmować różne kryteria określenia rozdzielczości. Najczęściej uznaje się, że jeśli na widmie m/z dolina pomiędzy sąsiadującymi pikami od dwóch jonów jest głębsza niż 50% wysokości niższego piku, to są one rozróżnione.