Prawdopodobnie jest najbliżej spokrewniony z żółwiem karetta i razem z nim, a nie z żółwiem zielonym z plemienia Chelonini, jak niegdyś przypuszczano, tworzy plemię Carettini.
Etymologia i taksonomia thumb|Żółw szylkretowy przedstawiony na rycinie Ernsta Haeckla z 1904 roku (u góry po prawej). Żółw szylkretowy po raz pierwszy zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego został opisany przez Karola Linneusza w 1766 roku w 12. wydaniu Systema Naturae jako Testudo imbricata. W 1843 austriacki zoolog Leopold Fitzinger utworzył dla niego nowy rodzaj Eretmochelys. W 1857 roku gatunek ten został opisany ponownie pod nazwą Eretmochelys imbricata squamata, która jest obecnie nieważna.
Pierwszym z dwóch podgatunków jest E. i. bissa, utworzony przez Eduarda Rüppella w 1835 roku, obejmuje osobniki żyjące w Oceanie Spokojnym i Indyjskim. Atlantycka populacja została uznana za drugi podgatunek E. i. imbricata (Linnaeus, 1766). Nazwa podgatunku „imbricata” została skopiowana z nazwy gatunkowej, ponieważ Linneusz opisał właśnie populację atlantycką.