W sezonie 2004/2005 Lille odniosło prawdziwy sukces, zajmując drugie miejsce w lidze, promowane awansem do Ligi Mistrzów. W fazie grupowej Makoun i spółka, z 6 punktami na koncie, zajęli 3. miejsce. W Pucharze UEFA trafili na Sevillę i odpadli po wyrównanym dwumeczu. W sezonie 2005/2006 Lille zajęło 3. pozycję w lidze, co dało im możliwość startu w eliminacjach do Ligi Mistrzów. Podopieczni Claude Puela zakwalifikowali się do fazy grupowej. Makoun zdobył swoją pierwszą bramkę w Lidze Mistrzów w 90 minucie meczu z AEK Ateny, podwyższając wynik na 3:1. Lille wyszło z grupy, jednak już w następnej fazie musiało uznać wyższość Manchesteru United. Sezon 2006/2007 nie był już dla Lille tak udany, ponieważ zajęli dopiero 10. miejsce w lidze. Makoun rozegrał w tym sezonie 33 mecze i zdobył jednego gola.
Latem 2008 roku Makoun przeszedł do Lyonu. Kosztował 15 milionów euro i otrzymał koszulkę z numerem 17, poprzednio zastrzeżoną po śmierci rodaka Marca-Viviena Foe. W barwach mistrza Francji zadebiutował 10 sierpnia 2008 roku w wygranym meczu z Toulouse FC.