Japońskie zapalenie mózgu (, ang. Japanese encephalitis, JE, encephalitis B, jap. 日本脳炎, Nihon-nōen) – choroba wywoływana przez arbowirusy z grupy Flaviviridae przenoszone przez ukłucia komarów. Występuje na Dalekim Wschodzie, przebieg zazwyczaj jest bezobjawowy.
Epidemiologia thumb|Mapa ilustrująca rozmieszczenie zachorowań na JE w latach 1970–1998 Japońskie zapalenie mózgu jest najczęstszym wirusowym zapaleniem mózgu na Dalekim Wschodzie; corocznie odnotowuje się 30–50 tys. nowych zachorowań. Śmiertelność waha się od 0,3 do 0,6% i zależy od wielu czynników, także od wieku. Zachorowania dotyczą głównie mieszkańców wsi i nie są spotykane w obszarach miejskich. W przeszłości, zanim wprowadzono szczepionkę, duże epidemie JE występowały w Chinach, Japonii, Korei, Tajwanie i Tajlandii. Obecnie epidemie choroby występują w Wietnamie, Kambodży, Birmie, Indiach, Nepalu i Malezji. Opisano zachorowania z Wysp w Cieśninie Torresa, a w 1998 roku dwa śmiertelne zachorowania miały miejsce w północnej Australii.