Od średniowiecza w architekturze synagog pojawił się babiniec. Było to osobne pomieszczenie dla kobiet przylegające do głównej sali i oddzielone od niej ścianą nazywaną mechica, lub w większych bożnicach umieszczone w galerii na piętrze, z którego kobiety mogły obserwować całe wnętrze. Według zaleceń religijnych było to spowodowane troską o modlących się mężczyzn, gdyż podczas modlitwy nic nie mogło rozpraszać ich uwagi.
Według tradycji symbolika i rozplanowanie synagogi wywodzi się od Świątyni w Jerozolimie, z której pozostał do dziś jedynie fragment ściany zwany „Ścianą Płaczu”. Do najstarszych synagog należą obiekty w Gamli (I w.), Magdali i Masadzie w Palestynie. Pozostałości jednej z piękniejszych synagog antycznych obejrzeć można w Kafarnaum nad brzegami Jeziora Galilejskiego. Jest to też najstarsza znana synagoga, w której pośród ornamentów pojawia się gwiazda Dawida.
Sławne synagogi Synagoga w Dura Europos w Syrii jest najlepiej zachowaną synagogą starożytną. Synagoga Staronowa w Pradze w Czechach, jest najstarszą czynną synagogą w Europie. Została zbudowana w 1270 roku. Synagoga Hurva w Jerozolimie, zlokalizowana w żydowskiej dzielnicy Starego Miasta, znajdowała się tam od XVI wieku aż do 1948 roku, kiedy to została zniszczona przez legiony arabskie. Synagoga Paradesi w Koczinie, jest najstarszą synagogą Indii oraz Wspólnoty Narodów. Została zbudowana w 1568 roku.