W mniejszych miastach prywatnych, będących własnością rodzin arystokratycznych, przywilej budowy synagogi wydawał sam właściciel, co pozwalało na projektowanie większych i bardziej ozdobnych bożnic, takich jak synagoga w Zamościu, Szczebrzeszynie czy Słonimie. Niekiedy właściciel miasta wydawał zezwolenie na budowę synagogi pod warunkiem włączenia jej w system miejskich murów obronnych, co zobowiązywało Żydów do obrony miasta w razie ataku. Taką synagogą obronną była bożnica w Łucku, która posiadała wieżę z otworami strzelniczymi, i na stałe wyposażona była w broń. Powstał również typ bożnicy obronnej budowanej poza obrębem miast, z grubymi murami z przyporami, blankami i strzelnicami (np. nieistniejąca w Szydłowcu). Od końca XVII w., oprócz murowanych, wznoszone są również synagogi drewniane o cechach polskiego budownictwa drewnianego (mansardowe dachy, ganki, podcienia).